全人類の怪人化を目論む秘密結社「ブラックルーボ」。ある日、ブラックルーボの核とも言えるメインコンピュータ「パスホール」のある本拠地を、正義の使者「コメットナイツ」によって襲撃される。
結果、なんとか最強のコメットナイツである「コメットメシス」の捕縛、洗脳に成功するものの、エネルギーの供給源である生体ユニットを破壊され、さらに他のメンバーを取り逃がしてしまい、パスホールは窮地に追い詰められる。
新たな成体ユニットとなり得る最強の怪人を作り上げるため、パスホールはコメットアメシスに元仲間の確保を命じるが…